В 15 веке поселок Нахабино принадлежал Плещеевым. Многие представители этого боярского рода занимали видное положение при дворе. Среди них Михаил Плещеев имевший большие владения в разных местах Подмосковья. После его смерти сыновья поделили владения, Нахабинскую вотчину с селами Нахабино и Караулово на речке Нахабинке получил младший сын Иван.
Иван Плещеев постригся в монахи и мирно закончил свой век в монастырской обители, оставив завещание, по которому отдал Троице - Сергиевому монастырю село Караулово, а село Нахабино «с деревнями и пустошами и всем тем, что к этому селу потягло из старины» должно было прейти в собственность монастыря после смерти его матери. Родственники стали расставаться со старинной родовой вотчиной. Они выкупили село у монастыря и отдали Петру Плещееву. Однако, впоследствии, его сын в 1534 году продал село монахам за 400 рублей….
В Нахабинской вотчине в 1576 году числилось: «…. Село Нахабинское да пять деревень, да 38 пустошей, а в них двор монастырский, да двор коровий, да двор попов, да три кельи нищих, да 60 дворов крестьянских, да 10 дворов бобыльских, а людей в них 72 чел. (в то время учитывалось только мужское население), да в том же селе пруд с карасями...»
В начале 17 века село Нахабино, разоренное Литвою, названо «пустошь». Вскоре после Литвы, в населенном крестьянами селе Нахабино была построена в 1633-1634 гг. деревянная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
В 19 веке «…в селе 100 дворов и до 500 жителей; храм каменный, довольно красивой архитектуры, построенный в византийском стиле». (Из путеводителя по железным дорогам 19 века).
В 1891 году при здешнем храме Покрова Пресвятой Богородицы было организовано общество трезвости, где всех желающих лечили от алкоголизма. К началу XX века число его членов достигло 31 тыс человек. Как писал современник, чтобы записаться в общество, "стали съезжаться со всей Руси пьяные люди и прибывали на станцию "Нахабино" в таком состоянии невменяемости, что местное начальство разводило руками, не зная, как справиться с будущими трезвенниками". В результате общество было закрыто.
В конце 30-х годов 20 века именно здесь снимался известный фильм по повести Аркадия Гайдара «Тимур и его команда».
В советское время Нахабино стало местом расположения инженерных воинских частей
